Neo - řadový zaměstnanec velké společnosti Thomas A. Anderson, má dva životy - jeden zcela nezajímavý, ale v tom druhém je hacker. Morpheus jej považuje za Vyvoleného a hledá ho. Po jeho odpojení už Matrix není to co býval...
Morpheus - kapitán lodi Nebuchadnezzar, jedné z několika lodí posledního lidského města (Sion), který jako člen odbojové organizace osvobozuje jedince z Matrixu a hledá Vyvoleného, aby s jeho pomocí zničil Matrix...
Trinity - vyhlášený hacker a pravá ruka Morphea na lodi Nebuchadnezzar bojuje za zničení Matrixu. Součástí věštby o Vyvoleném, je, že ona se do něj zamiluje...
Cypher - svým způsobem nedobrovolný člen posádky Nebuchadnezzaru - odpojit ho byla zkrátka chyba. To se však ukázalo až po jeho zradě v ceně chutného steaku a herecké kariery...
Tank - operátor na Nebuchadnezzaru, který se stará o připojení při vstupu do Matrixu a přípravu východů z něj, jeden z mála obyvatel Sionu "udělaný doma hezky po staru"...
Dozer - starší bratr Tanka sloužící s ním na Nebuchadnezzaru. Výrábí "pití", které má hned dvojí použití - výborně odmašťuje motory a ničí mozkové buňky...
Switch - drsná blondýna z Nebuchadnezzaru, se kterou je lepší být za dobře - Neo dostal pod její pistolí na výběr: "our way or the highway"...
Apoc - pilot Nebuchadnezzaru. Zatímco vně Matrixu je drsným vojákem, uvnitř obyčejně hlídá útočnému týmu záda. On a Switch jsou nerozlučná dvojka...
Mouse - nejmladší člen posádky Nebuchadnezzaru, geniální programátor, který dokáže v Constructu (simulačním prostředí podobném Matrixu) vytvořit jakýkoli trénovací program (a nejen to)...
Niobe - kapitánka Logosu - nejmenší lodi odboje a zároveň nejlepší pilot, kterého Sion má, bejvalka Morphea...
Mifune - velitel jednotky APU (Armored Personnel Units) chránící Sion. Vede obranu v doku Sionu při průniku chobotniček...
Bane - člen odboje Sionu, který má tu smůlu, že se jej ve skutečném světě zmocní agent Smith...

Vědma - hlavní postava v pozadí děje zobrazená jako usměvavá dáma, která ráda kouří, peče koláčky a ukazováním na podstatu věcí poskytuje odboji rady jak bojovat proti Matrixu, přestože se později ukazuje být paradoxně integrální součástí Matrixu. Působí však jako protiváha Architekta. Během reloadu získává jinou fyzickou podobu...
Seraph - ochránce vědmy. Agent Smith se ho pokouší dostat, ale marně. Naopak to byl on, kdo dříve Smithovi naklepal kožich...
klíčník - speciální program Matrixu, který vytváří klíče umožňující přístup programům do jednotlivých částí Matrixu a s jehož pomocí je možné se snadno pohybovat zkratkami po celém Matrixu...
agent Smith - smyslový program Matrixu, který chrání systém a bojuje proti Vyvolenému. Jeden z jeho klonů později získá fyzickou podobu když se nahraje do mozku Bane a oslepí Nea...

agenti Jackson a Jones - pravá a levá ruka agenta Smithe...
architekt - tvůrce Matrixu, program, který se mmj. snaží dosáhnout v Matrixu jako systému ustáleního rovnovážného stavu zajišťující jeho hladké fungování, je to suchar...
Merovingian - ničemný program (s francouzským přízvukem) vytvořený Matrixem, který má přístup k jakémukoli kódu a dělá mezi programy v Matrixu špinavou práci, vězní klíčníka a mmj. zaměstnává dvojčata...
Persephone - "manželka" Merovingiana, znuděná Matrixem, zklamaná svým manželem svádí Nea a za jeho polibek mu umožní osvobodit klíčníka...
dvojčata - speciální programy představující levou a pravou ruku Merovingiana, který je posílá, aby se znovu zmocnil klíčníka...